Campagnes de la péninsule Ibérique et d’Autriche
Guerre d'Espagne
En réponse à l’attitude britannique vis-à-vis des navires de commerce français, Napoléon tente d’imposer le blocus continental, qui vise à asphyxier l’industrie et le commerce britanniques, par le décret de Berlin du 21 novembre 1806. Le Portugal, vieil allié des Britanniques depuis le traité de Methuen (1703), est resté neutre depuis la rupture de la Paix d'Amiens. Au travers de pressions diplomatiques, d'alliance resserée avec l'Espagne voisine, et de concentration de troupes sur les Pyrénées durant l'été 1807, Napoléon menace le Portugal d'invasion s'il n'applique pas le Blocus continental.
Devant le silence portugais, les armées françaises envahissent le Portugal (novembre 1807), commandées par le général Junot et s'installent également en Espagne, en allié, pour assurer un appui à cette opération selon le traité de Fontainebleau. La cour et le gouvernement portugais se réfugient à Rio de Janeiro avec le soutien de la flotte britannique et le Brésil devient le siège du royaume jusqu'en 1821.
À partir de l'automne 1807, des tensions augmentent à la tête du royaume d'Espagne : le roi Charles IV menace son fils et héritier Ferdinand, qui est opposé à la mainmise du chef du gouvernement, Manuel Godoy, sur le couple royal et sur la politique de l'Espagne. Napoléon considère alors l'Espagne, alliée décevante dans la guerre contre la Grande-Bretagne, comme mûre pour un changement dynastique. Cette perspective panique la monarchie espagnole et Godoy. En mars 1808, le soulèvement d'Aranjuez place Ferdinand sur le trône, à la suite de l'abdication forcée de son père. Napoléon se positionne alors en arbitre de la famille des Bourbons d'Espagne, et profite de leur querelle pour leur imposer à Bayonne leur abdication complète. Napoléon place sur le trône espagnol son frère Joseph, remplacé à Naples par Joachim Murat, époux de Caroline Bonaparte.
La population espagnole se soulève : la guerre d'Espagne commence et va durer six ans. L'armée britannique commandée par le futur duc de Wellington débarque au Portugal et les Français connaissent des revers sérieux (capitulation de Baylen en Espagne, bataille de Vimeiro au Portugal) durant l'été 1808. Avec l’aide des patriotes espagnols, les Anglo-Portugais poussent peu à peu l’armée française hors de la péninsule Ibérique.
Napoléon a reconnu par la suite qu'il avait commis une grave erreur en lançant la campagne d'Espagne : « Cette malheureuse guerre m'a perdu ; toutes les circonstances de mes désastres se rattachent à ce nœud fatal. Elle a compliqué mes embarras, divisé mes forces, détruit ma moralité en Europe ». De même, concernant Joseph, incapable d'être chef d’État et de maintenir l'ordre : « C'était l'homme le plus incapable et précisément l'opposé de ce qu'il fallait. ».
Napoléon a reconnu par la suite qu'il avait commis une grave erreur en lançant la campagne d'Espagne : « Cette malheureuse guerre m'a perdu ; toutes les circonstances de mes désastres se rattachent à ce nœud fatal. Elle a compliqué mes embarras, divisé mes forces, détruit ma moralité en Europe ». De même, concernant Joseph, incapable d'être chef d’État et de maintenir l'ordre : « C'était l'homme le plus incapable et précisément l'opposé de ce qu'il fallait. ».
Guerre contre l'Autriche
Alors que les meilleures troupes de l’armée française sont engagées en Espagne, l’Empire d'Autriche attaque une nouvelle fois la France en Allemagne et en Italie. Le maréchal Lannes, compagnon et ami de Napoléon, périt à la bataille d'Essling qui apparaît comme le premier grand revers de Napoléon, puisque ses troupes doivent abandonner le champ de bataille pour se réfugier sur l'ile de Lobau, sur le Danube, pour se reposer et se renforcer. L'armée autrichienne est finalement vaincue lors de la bataille de Wagram en juillet 1809.
Cette année 1809 a augmenté le sentiment de vulnérabilité du régime impérial : Napoléon a d'abord été blessé - légèrement au pied - à la bataille de Ratisbonne, en avril 1809, rappelant sa vulnérabilité comme commandant en chef lors d'une bataille, puis a échappé à une tentative d'assassinat par Frédéric Staps lors d'une revue des troupes à Schönbrunn, le 12 octobre 1809, à l'époque de la conclusion de la paix avec l'empire d'Autriche. La vulnérabilité du souverain français renforce le principe d'assurer un héritier direct à l'Empire. Le divorce de Joséphine est alors inéluctable, d'autant que Napoléon sait que la stérilité du couple n'est pas de son fait, depuis la naissance du petit Léon, fruit d'une liaison en 1806, et de la grossesse toute récente de Marie Walewska, autre liaison initiée lors de la campagne de Pologne en 1807, venue à Vienne lors des négociations de paix (l'enfant, Alexandre Walewski, naît en mai 1810).
